海洋博公園内にあり、那覇空港から車で2時間のところにあり、駐車場は北ゲート駐車場が便利です。館内は「サンゴの海」、「黒潮の海」、「深海」と3つのゾーンにわかれています。黒潮の海ゾーンには、世界最大の魚ジンベエザメや繁殖に世界で初めて成功したナンヨウマンタが観察できる巨大水槽があり迫力満点です。また、来館時に事前予約をすると無料の音声ガイドも貸し出してもらえます。
普段着のまま、豊かな海洋資源と触れ合うことができる宮古島の観光スポットです。メインの海中観察施設は、24個のアクリルパネルの窓から大海とつながる自然の一部を見ることができます。管理棟内では、お土産品、特産物などの販売のほか、貝殻、島ぞうりの体験工作を行っていて、家族で楽しむことができます。周辺には、観光スポットがたくさんあるので、観光にオススメです。施設内はベビーカーでの利用もでき、小さな子供連れでも安心して利用することができます。
水族館だけでなく子供が楽しめる遊び場や熱帯ドリームセンターなどがあって1日中遊べます。水族館は、魚だけではなく、うみがめやマナティーやジンベイザメなどもいます。